ก่อนหน้านี้อินโดนีเซียเคยอยู่ใต้การปกครองแบบอำนาจนิยมเป็นเวลายาวนานถึง 32 ปี ตั้งแต่ปี 1966-1998 ภายใต้การปกครองของประธานาธิบดีซูฮาร์โต ยุคดังกล่าวเรียกว่า “ยุคระเบียบใหม่”

ในตอนแรกซูฮาร์โตได้รับการต้อนรับอย่างดีจากประชาชนอินโดนีเซียส่วนใหญ่ที่เบื่อหน่ายความวุ่นวายและความขัดแย้งทางการเมืองในยุคก่อนหน้านั้น และที่สำคัญคือปัญหาด้านเศรษฐกิจที่รัฐบาลก่อนหน้าจัดการได้ไม่ดีเท่าที่ควร 

นโยบายของซูฮาร์โตคือชูประเด็นเรื่อง “การพัฒนา” ซึ่งก็ถือว่าการเติบโตทางเศรษฐกิจของอินโดนีเซียภายใต้ยุคระเบียบใหม่อยู่ในระดับที่น่าพอใจจนกระทั่งประสบกับวิกฤตเศรษฐกิจต้มยำกุ้งในปี 1997 

ในการครองอำนาจเป็นเวลากว่าสามทศวรรษของซูฮาร์โต เขาได้ใช้เครื่องไม้เครื่องมือหลายอย่างในการค้ำจุนอำนาจ ไม่ว่าจะเป็นกฎหมาย การกำจัดศัตรูทางการเมือง การควบคุมการเคลื่อนไหวขององค์กรทางการเมือง และการสนับสนุนจากกองทัพ

กองทัพในยุคระเบียบใหม่มีอำนาจเกินขอบเขตและนิยามของกองทัพในความหมายทั่วๆ ไป เกิดคำว่า “หน้าที่สองอย่าง” (dwi fungsi) ของกองทัพ นั่นคือ นอกจากกองทัพจะมีหน้าที่เป็นรั้วของชาติ ปกป้องประเทศแล้ว ทหารยังมีหน้าที่ในทางการเมืองและสังคมอีกด้วย โดยทหารมีที่นั่งในสภา ดำรงตำแหน่งทางการเมือง และคุมรัฐวิสาหกิจต่างๆ กล่าวคือ ทหารกลายเป็นผู้เล่นหลักในทางการเมือง แต่หากจะกล่าวตามจริงแล้ว นิยาม “หน้าที่สองอย่าง” อาจจะกล่าวน้อยกว่าความจริง เพราะทหารยังมีบทบาทในด้านอื่นๆ อีกด้วย เช่น ทหารมีธุรกิจของกองทัพมากมาย

กล่าวโดยสรุปทหารอินโดนีเซียมีอำนาจทางการเมืองสูงมาก เข้าดำรงตำแหน่งสำคัญๆ ทางการเมืองโดยที่ไม่ต้องผ่านการทำรัฐประหาร และผลประโยชน์ที่ได้จากการมีบทบาทหลายด้านดังกล่าวก็มหาศาลเช่นกัน นอกจากนี้กองทัพยังถูกกล่าวหาว่ามีส่วนเกี่ยวข้องกับการละเมิดสิทธิมนุษยชนหลายครั้ง ทั้งการปราบปรามขบวนการแบ่งแยกดินแดนต่างๆ และกลุ่มต่อต้านรัฐบาล 

เมื่อเกิดวิกฤตเศรษฐกิจในปี 1997 อินโดนีเซียได้รับผลกระทบอย่างหนัก เกิดการชุมนุมประท้วงครั้งใหญ่โดยนักศึกษาและประชาชน และในที่สุดซูฮาร์โตประกาศลาออกจากตำแหน่งประธานาธิบดีเมื่อวันที่ 21 พฤษภาคม 1998 ถือเป็นการสิ้นสุดของยุคระเบียบใหม่ หลังจากนั้นอินโดนีเซียก็เข้าสู่ “ยุคปฏิรูป”

ที่จริงแล้วคำว่า “ปฏิรูป” เป็นคำที่ขบวนการนักศึกษาและประชาชนใช้ในช่วงการประท้วงรัฐบาลซูฮาร์โต พวกเขาเรียกร้องการปฏิรูปในทุกด้าน ไม่ว่าจะเป็นด้านการเมือง เศรษฐกิจ และสังคม

หนึ่งในข้อเรียกร้องที่แข็งกร้าวได้แก่ ต้องมีการปฏิรูปกองทัพ ยกเลิกบทบาท “หน้าที่สองอย่าง” ของกองทัพ ทหารต้องกลับเข้ากรมกอง ทำหน้าที่ที่แท้จริงของทหาร

การปฏิรูปกองทัพอินโดนีเซียดำเนินการเป็นขั้นเป็นตอน ค่อยๆ ทำไปทีละด้าน ที่สำคัญคือเป็นการปฏิรูปจากภายในกองทัพเอง กล่าวคือมีนายทหารที่เสนอแนวทางในการปฏิรูปและมีทหารที่เห็นว่ากองทัพจำเป็นต้องปฏิรูปจริงๆ

อย่างไรก็ตาม ในตอนแรกทหารไม่อยากถอนตัวออกจากการเมืองและได้มีการประลองกำลังกับรัฐบาลในช่วงต้นยุคปฏิรูป 'อับดูรระห์มาน วาฮิด" ' เป็นประธานาธิบดีคนแรกจากการเลือกตั้งครั้งแรกหลังยุคระเบียบใหม่ และในสมัยของประธานาธิบดีอับดูรระห์มาน วาฮิด" นี้เองที่มีรัฐมนตรีว่าการกระทรวงกลาโหมเป็นพลเรือนครั้งแรก จากที่ก่อนหน้านี้ตำแหน่งนี้ถูกผูกขาดโดยนายพลมาตลอด

วาฮิดมีนโยบายค่อนข้างหัวก้าวหน้าและต้องการผลักดันการปฏิรูปกองทัพ ผลคือวาฮิดถูกสภาผู้แทนประชาชนถอดถอนออกจากตำแหน่งประธานาธิบดีหลังจากที่ดำรงตำแหน่งได้เพียงสองปี เชื่อกันว่ากองทัพอยู่เบื้องหลังการถอดถอนดังกล่าว สภาผู้แทนประชาชนออกเสียงโหวตให้นางเมกาวตี ซูการ์โนปุตรี รองประธานาธิบดีขึ้นดำรงตำแหน่งประธานาธิบดีแทน โดยผู้ที่มาดำรงตำแหน่งรัฐมนตรีกระทรวงกลาโหมแม้จะเป็นพลเรือนแต่ก็เป็นคนที่กองทัพยอมรับได้ และการดำเนินการปฏิรูปกองทัพก็ถูกต่อต้านอย่างมากจากกองทัพเอง

ในสมัยประธานาธิบดีเมกาวตี กองทัพกลับมามีบทบาทและเข้มแข็งอีกครั้ง ในที่สุดการปฏิรูปกองทัพมาสำเร็จเป็นรูปเป็นร่างในสมัยประธานาธิบดีซูซิโล บัมบัง ยูโดโยโน ที่ดำรงตำแหน่งประธานาธิบดีสองสมัยตั้งแต่ปี 2004-2014 ซึ่งเป็นอดีตนายทหารมาก่อนทำให้ได้รับการยอมรับจากทหารด้วยกัน

แม้ว่าการปฏิรูปกองทัพจะเป็นวาระแห่งชาติและถูกกดดันอย่างหนักจากภาคประชาสังคม แต่เงื่อนไขสำคัญในการที่ทหารยอมให้มีการปฏิรูปกองทัพคือผลประโยชน์ที่ทหารเคยได้รับจะต้องได้เหมือนเดิม เงินเดือนทหารเพิ่มขึ้นถึง 300 เปอร์เซ็นต์

ธุรกิจของทหารจะต้องได้รับการคุ้มครอง มีการขายทอดตลาดธุรกิจของกองทัพโดยนักธุรกิจที่เข้าช้อนซื้อคือ 'ทอมมี่ วินาตา' ซึ่งเป็นเครือข่ายของกองทัพ และหลังจากซื้อธุรกิจมาแล้วก็ให้นายพลที่เกษียณอายุเข้าดูแลธุรกิจเหล่านั้น และอีกประการที่สำคัญคือทหารจะไม่ถูกเช็คบิลย้อนหลังในกรณีการละเมิดสิทธิมนุษยชนต่างๆ ที่เกิดขึ้นในยุคระเบียบใหม่ 

ปัญหาปัจจุบันที่อินโดนีเซียกำลังเผชิญคือมีนายพล-นายพันจำนวนมากที่ไม่ได้มีตำแหน่งที่สำคัญอะไร

หากเป็นในยุคระเบียบใหม่ ซูฮาร์โตก็จะจัดให้นายทหารเหล่านี้ดำรงตำแหน่งทางการเมืองอื่นๆ ภายใต้กรอบ “หน้าที่สองอย่าง” แต่ตั้งแต่เกิดยุคปฏิรูปเป็นต้นมา การเข้ามามีบทบาทการเมืองแบบโจ่งแจ้งด้วยวิธี “หน้าที่สองอย่าง” เป็นไปไม่ได้อีกต่อไป

ที่น่ากังวลคือคลื่นใต้น้ำในกลุ่มก๊กต่างๆ ของทหารภายในกองทัพที่ต้องการให้ “หน้าที่สองอย่าง” ของกองทัพกลับมาเหมือนในยุคระเบียบใหม่