พล.อ.ประยุทธ์ จันทร์โอชา นายกรัฐมนตรี และ รมว.กลาโหม ในฐานะผู้อำนวยการศูนย์บริหารสถานการณ์การแพร่ระบาดของโรคติดเชื้อไวรัสโคโรนา 2019 (โควิด-19 ) หรือ ศบค.ลงนามในคำสั่งเรื่องการจัดโครงสร้างของ ศบค.เพื่อให้เหมาะสมกับการปฎิบัติหน้าที่ ในการดำเนินการแก้ไขสถานการณ์ฉุกเฉิน อย่างเหมาะสมและมีประสิทธิภาพ โดย มีการจัดโครงสร้างดังนี้ 

1.สำนักงานเลขาธิการ มีรองเลขาธิการนายกรัฐมนตรีฝ่ายการเมือง ที่นายกฯ มอบหมายเป็นหัวหน้าสำนักงาน 

2.สำนักงานประสานงานกลาง ให้เลขาธิการสภาความมั่นคงแห่งชาติ (สมช.) เป็นหัวหน้าสำนักงาน 

3.ศูนย์ปฎิบัติการฉุกเฉินด้านการแพทย์ และ สาธารณสุข ให้ปลัดกระทรวงสาธารณสุขเป็นหัวศูนย์ 

4.ศูนย์ปฎิบัติการด้านมาตรการป้องกันและช่วยเหลือประชาชน ให้ปลัดกระทรวงมหาดไทยเป็นหัวหน้าศูนย์ 

5.ศูนย์ปฎิบัติการกระจายหน้ากาก และเวชภัณฑ์สำหรับประชาชน ให้ปลัดกระทรวงมหาดไทยเป็นหัวหน้าศูนย์ 

6.ศูนย์ปฎิบัติการควบคุมสินค้าให้ปลัดกระทรวงพาณิชย์เป็นหัวหน้าศูนย์ 

7.ศูนย์ปฎิบัติการมาตรการเดินทาง เข้า ออกประเทศ และดูแลคนไทยในต่างประเทศ ให้ปลัดกระทรวงการต่างประเทศเป็นหัวหน้าศูนย์ 

8.ศูนย์ปฎิบัติการด้านการสื่อสารโทรคมนาคม และสื่อสังคมออนไลน์ ให้ปลัดกระทรวงดิจิทัลเพื่อเศรษฐกิจและสังคม (ดีอี) เป็นหัวหน้าศูนย์ 

9.ศูนย์ปฎิบัติการแก้ไขสถานการณ์ฉุกเฉินด้านความมั่นคง ให้ผู้บัญชาการทหารสูงสุดเป็นหัวหน้าศูนย์ 

10.ศูนย์ปฎิบัติการด้านข้อมูล มาตรการแก้ไขปัญหาจากติดเชื้อโควิด 19 ให้ปลัดสำนักนายกรัฐนตรีเป็นหัวหน้าศูนย์ 

ใน 2 สำนักงานและอีก 8 ศูนย์ จะต้องรายงานให้นายกฯ ในฐานะ ผอ.ศูนย์ได้รับทราบ และนายกฯ ในฐานะผอ.ศูนย์ฯ สามารถปรับปรุงโครงสร้างได้ นอกจากนี้ ผอ.ศูนย์ฯ ยังสามารถแต่งตั้งบุคคลเป็นคณะที่ปรึกษา ด้านการแพทย์ ด้านกฎหมาย ด้านธุรกิจ และด้านอื่นๆ อีกตามสมควร